Posádka první soběstačné meziplanetární lodě lidstva zkoumá v naprosté samotě hlubokého vesmíru – šest set milionů kilometrů od Země – anomálii, zřejmě jde o mimozemský signál. Ten kromě jiného způsobil ztrátu jejich komunikace se Zemí. Lodní astrofyzička Elizabeth Vega se ocitá v životní roli poté, co vyjde najevo, že její schopnosti jsou klíčem k pochopení onoho signálu. Kapitán Apolo Magellan má navíc rozkazy, o nichž posádka netuší. Jako jediný ví, proč je na palubě lodi atomovka a co je pravým cílem jejich mise k plynnému obrovi, jehož měsíc Europu něco rozlomilo napůl. Elizabeth musí zjistit, co je pravým zdrojem signálu a jak s tím souvisí podivná anomálie. Ve stínu Jupitera se rozehrává boj nejen o přežití lidstva.