Po poslední bitvě se Dr. Eggman záhadně přestal objevovat v Sonicově životě. Jaké šokující tajemství Sonic odhalí, když zjistí, kam zlý doktor zmizel? Navíc Sonic není jediný, kdo Eggmana hledá – je tu i jeho dávný rival, ježek Shadow! V průběhu tohoto rychlého, akcí nabitého tajemného dobrodružství dojde k mnoha zvratům! Ale s pomocí přátel – včetně nového spojence – je Sonic dost rychlý na to, aby překonal každou překážku!