V roce 1962, dva roky po propuštění z kriminálu, se Trochtova situace opět mění, jak je patrné z jeho životopisu:

Koncem února 1962 dostal msgre Trochta srdeční záchvat. Srdce měl oslabené už z nacistických koncentráků a komunistické věznice mu tento stav ještě zhoršily. Téměř celý rok strávil v nemocnici a v domácím ošetření. Srdečních záchvatů prodělal tehdy asi víc. Po jednom z nich ležel v pražské nemocnici Pod Petřínem. Tam za ním chodilo mnoho lidí. Umístěn byl v I. poschodí na pokoji č. 9 (asi pro 10 pacientů – v tu dobu).

Někdy v listopadu 1962 byl Dr. Trochta předvolán na církevní úřad. Nabídli mu jít do důchodu a pobyt v Táboře v Charitním domě, i když na důchod neměl ještě právo (57 let). Byla to tedy nová internace. Také do Tábora se hrnuly ovečky za svým pastýřem… Dům, v němž žil, se nazýval také Květův dům, protože byl po první světové válce darován manžely Květovými pro útulek starých a nemocných. Tehdy tam žádní laici nebydleli, jen několik starých řeholnic. Již před biskupem Trochtou tam byl internován biskup Buzalka z Bratislavy, který tam v r. 1961 zemřel. Zároveň s Trochtou tam byl tehdy opat Machalka z premonstrátského kláštera v Nové Říši. Byl tam kaplanem sester a dělal údržbáře… V domě byl státní zmocněnec StB. Ten hlídal biskupy a celý dům. Všechny návštěvy se musely zapisovat do knihy… Byl tam i biskup Zela, který tam byl nedávno převezen.

V prosinci, ještě před Vánocemi roku 1963 přestěhovali monsignora Trochtu z Tábora do charitního ústavu ve vsi Radvanov u Mladé Vožice. Byl určen pro internaci našich pánů biskupů. Tito bydleli v přistaveném jednoposchoďovém traktu, který přiléhal k původnímu zámečku. Každý měl svůj pokoj. V celém objektu bylo zřízeno ústřední topení. Topičem byl určen pan opat Machalka. Kolem zámečku byla velká zahrada. Tou byl pověřen pan biskup Trochta. Na jaře 1964 (tedy až po Trochtovi) byl převezen z Mukařova do Radvanova i pražský arcibiskup msgre Josef Beran. Po jeho příjezdu nastalo menší uvolnění… 

Z tohoto období si zaslouží pozornost i agenturní zpráva č. 338 z ledna 1966, zpracovaná na základě informátora pod krycím jménem „Zdeněk“ (dnes již mrtvý), z níž citujeme:

V neděli 9. 1. 1966 navštívil pramen na základě pozvání Trochty Radvanov. K autobusu v Mladé Vožici přijeli pro něho autem opat Augustin Machalka s biskupem Trochtou a odvezli ho do ústavu… Ve vrátnici se musel hlásit správci, který si nejen zapsal z občanského průkazu čísla, data atd., ale nevybíravým způsobem se ptal, zda jde ke „Trochtovi“ (bez nějakého oslovení), zda je jeho příbuzný či známý. Trochta se hned snažil účel pramenovy návštěvy objasnit, což bylo opět odbyto okřiknutím „Vás jsem se Trochta neptal“. Tento přístup správce byl velmi hrubý a biskupové potom prameni jeho neurvalé chování vůči nim potvrdili… Větší část celého dne proběhla v pokoji Štěpána Trochty, při rozboru pramenovy autorské národopisné práce, o niž se velmi podrobně zajímal. Přitom se chvílemi odbočilo na zájem pramene.

První otázka byla, co je na tom pravdy, že on půjde někam na biskupský stolec, že se o tom v Praze hovořilo. Trochta se srdečně zasmál a řekl, že o ničem podobném neví. Myslí, že pověsti vznikly z toho, že ho někdo viděl, když při návštěvě lékaře někdy v polovině prosince si zašel za p. biskupem Tomáškem. Zde řekl: „Kam mě pošlou, tam půjdu a sám o nic žádat nebudu.“

V této souvislosti se pak rozvinul zajímavý rozhovor. Trochta ještě prohlásil, že má značné komplexy a že se mu stále zdá, jako by za ním vždy při jeho cestě mimo Radvanov chodil „stín“, čímž myslel Bezpečnost (důvodná obezřetnost). Proto se obává navštěvovat známé, aby je nepřivedl do nesnází. Pramen se zpočátku domníval, že jde o žert nebo o nějakou taktiku, ale celkový dojem z Trochtova vnějšího projevu a jednání pramene utvrdil, že jde skutečně o nervovou poruchu v nervové labilitě. Fakt o vnitřních obavách Trochty pak potvrdil později i biskup Zela a Šilhan, kteří, aniž by k tomu byli vyzváni, žertem Trochtovi jeho jednání a obavy před pramenem vytkli.

Dále se ho pramen ptal, zda byl též pozván na II. vatikánský koncil. Řekl, že ano a že s pozváním šel na ministerstvo školství, ale tam mu řekli, co ostatně čekal, že to nepřichází v úvahu. Třetí otázka se týkala názoru na nynější stav jednání mezi státem a církví. Řekl, že dle jeho mínění se to nějak řešit musí, ale kdy to bude a jak to dopadne, neví. Sám si moc nadějí nedělá… „Na mně to nezáleží, to vedou jiní, a co se mi poručí, to udělám.“ Dále pak vyprávěl o rozloučení s dr. Beranem. Mrzí ho, že se s ním ani nerozloučil… Bylo mu řečeno, že p. kardinál pojede do Prahy ve čtvrtek, a když se naň ve čtvrtek tázal, dověděl se, že již ve středu ve vší tichosti ho odvezli do Prahy a v pátek do Říma. Tento fakt v Radvanově všichni těžce nesli a považovali to za úskok státních orgánů. Dr. Trochta prameni ukazoval spoustu korespondence, kterou dostal k svátkům. Korespondenci třídí do velkých papírových sáčků podle zemí. Největší sáček je s lístky a dopisy z Ameriky, dále z Itálie, Francie, Belgie atd. Píší mu jak salesiáni, tak kněží, biskupové, kardinálové a jiní. Největší radost měl ze zásilky od papeže Pavla VI. s jeho osobním blahopřáním a velké…? v podobě tiáry. 

Oběd byl společný ve 12 hodin v pokoji P. Františka Šilhana, kde mají nyní společnou jídelnu. Při obědě byli všichni, biskup dr. Zela, dr. Trochta, Aug. Machalka a dr. Šilhan. 

Potud přesná citace. Kdo byl onen „pramen“? Na jménu nezáleží, ale byl to kněz, který prošel dlouholetým komunistickým vězněním, sám byl vystaven stálému dohledu, a nechtěl-li znovu do basy, musel se snížit k plnění požadavků StB. Patřil k okruhu dobrých známých dr. Trochty, neboť spolu probírali národopisnou práci, která pojednávala o Valašsku (proto se o ni Trochta tolik zajímal) a byla později i vydána. Úkolu informátora se však zhostil, jak je vidět, velmi dobře, poněvadž nepověděl nic škodlivého, jen věci již známé, a kdoví – možná přitom Trochtovi předal i nějaké informace. V narážkách na sledování v Praze při návštěvě lékaře si chtěl biskup zřejmě ověřit, zda se něco ví o tom, co tam vlastně dělá – viz kapitola „A přece něco“.

Z doby jeho internace v Radvanově (blíže časově neurčené) pochází i částečně dochovaná agenturní zpráva StB:

Dále vypravuje biskup Trochta o sobě: že nečte noviny, že se po zprávách neshání, ať se týkají kohokoliv, co prý je důležité, to se doví, a tím si uchovává stále nikým a ničím nezatížený úsudek. Nezajímá ho prý ani, co se o něm mluví, hlavně že plní vůli Boží. Mluví klidně, rozvážně… Je si také vědom toho, že svět ho uznává za právoplatného biskupa litoměřického, a proto o náboženských poměrech v ČSSR řekl přítomným, že „jsou výsměchem a výstrahou celému světu“. O biskupu Tomáškovi biskup Trochta prohlásil toto: Biskup Dr. Tomášek z Prahy po návratu z koncilu byl u mne zde v Radvanově, vyřizoval mi pozdravy od Svatého otce a informoval o průběhu a závěru koncilu. Co bylo však hlavní, předal mi od Svatého otce prsten, který symbolizuje biskupské kolegium, o jehož praktické uskutečnění se biskupové celého světa snažili. Tento prsten dostal každý biskup a každému z nich má tento prsten připomínat, že nese odpovědnost za celou církev. Jednání mezi Vatikánem a státem ČSSR pokračuje. Je prý jisté, říká Trochta, že když probíhal koncil, že v té době bylo toto jednání otevřenější a příhodnější a bylo také více snahy na obou stranách… 

O papeži biskup Trochta mluví velmi pochvalně a podrobně. Říká, že Jan XXIII. přehodil výhybku a zapnul celý složitý aparát do chodu a Pavel VI. nyní vše důkladně upevňuje a klade nové koleje… A nyní Trochta vzpomíná, jak v Římě na sekretariátu navštěvoval nynějšího papeže Pavla VI. – jak spolu vedli dlouhé debaty a diskuse. Trochta přímo zpíval chvalozpěv na papežovy vynikající kvality a schopnosti. Trochta se dále pochlubil krásným, malířsky vypracovaným blahopřáním a požehnáním Svatého otce, které prý s balíčkem dostal na Vánoce od papeže. 

Z této debaty bylo vidět, že Trochta si je již naprosto jist, že má plné sympatie nynějšího papeže. Biskup Trochta až příliš dobře chápal plán tehdejšího režimu: znemožnit mu návrat do diecéze s čistým štítem. A tak se v ústraní věnoval modlitbě a rozjímání. Podle svých sil pečoval také o svěřenou zahradu, protože i přírodu vnímal spolu s Platonem jako „Boží dopis lidstvu“.